Opcije pristupačnosti Pristupačnost
Repozitorij
Repozitorij je prazan
Anketa
Na ovoj stranici trenutno nije odabrana niti jedna anketa!
Biokemija
Šifra: 73971
ECTS: 4.0
Nositelji: prof. dr. sc. Tatjana Gazivoda Kraljević
prof. dr. sc. Marijana Hranjec
doc. dr. sc. Dragana Vuk
Prijava ispita: Studomat
Engleski jezik:

0,0,0

Nastavnik nije u mogućnosti ponuditi nastavu na engleskom jeziku.
Opterećenje:

1. komponenta

Vrsta nastaveUkupno
Predavanja 30
Seminar 15
* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)
Opis predmeta:
CILJ KOLEGIJA:

Upoznavanje studenata s molekularnom logikom biokemijskih procesa u živom organizmu te dinamikom sinteze i razgradnje prirodnih biomakromolekula: proteina, polisaharida, lipida i nukleinskih kiselina. Studiraju se načela staničnog metabolizma i principi regulacije i kontrole.

IZVEDBENI PROGRAM KOLEGIJA:

1. TJEDAN
Uvod - Biokemija kao znanost, veza između prirodnih i biomedicinskih znanja,
proteini - raznolikost funkcija proteina i peptida, aminokiselinska građa proteina, peptidna veza, konformacija, dinamički aspekti strukture i funkcije proteina, temelji istraživanja i principi izolacije poteina.

2. TJEDAN
Proteini s posebnim funkcijama - hemoglobin, modelni globularni protein, interakcije hemoglobina s ligandima, struktura, funkcija i regulacija, alosterija kooperativno vezanje kisika, mioglobin.

3. TJEDAN
Razlike između monomera i tetramera. Fibrilarni proteini - kolagen, elastin.

4. TJEDAN
Enzimi i temelji enzimske katalize - regulacija aktivnosti metabolički važnih enzima - strategija i mehanizmi, alosterička regulacija aktivnosti enzima, aktivatori i inhibitori, koenzimi i prostetske skupine: struktura i funkcija, proteini koji se vežu za DNA.

5. TJEDAN
Stvaranje i pohrana metaboličke energije: metabolizam - osnovni pojmovi i svojstva. Metabolička razgradnja glukoze - tijek metaboličkog puta, kontrola i regulacija, alosterički regulirani enzimi, heksokinaza, fosfofruktokinaza, piruvat kinaza, stvaranje ATP, važnost oksidacije NADH i reakcija LDH.

6. TJEDAN
Glukoneogeneza - neugljikohidratne metaboličke preteče glukoze, razlike glikolize i glukoneogeneze, biotin i karboksilacije, uloga oksaloacetata, regulacija glikolize i glukoneogeneze je recipročna, Cori ciklus i iskorištavanje laktata, utrošak energije u glukoneogenezi, Metabolizam fruktoze i galaktoze.

7. TJEDAN
Oksidacijska dekarboksilacija piruvata, ciklus limunske kiseline. Stvaranje acetil-CoA iz piruvata, kompleks piruvat dehidrogenaze-koenzimi i prostetske skupine, sinteza citrata i pregled reakcija u ciklusu limunske kiseline, energijske promjene u rekcijama i kontrola odvijanja, ciklus je izvor biosintetskih preteča i energije za stanicu, anaplerotičke reakcije nadopunjavanja međuprodukata ciklusa.

8. TJEDAN
Stanična bioenergetika, ciklus ATP, respiratorni lanac i oksidacijska fosforilacija. Redoks potencijali i promjena slobodne energije, unutrašnja membrana mitohondrija i lokalizacija respiracijskih multienzimskih kompleksa, kaskadna oksidacija koenzima NADH i FADH2 kisik je krajnji akceptor H+ i elektrona, crpke protona i stvaranje gradijenta H+, veza s fosforilacijom i sintezom ATP, ATP sintaza-mehanizam i građa, energijska iskoristivost kompletne oksidacije glukoze, regulacija iksidativne fosforilacije.

9. TJEDAN
Put pentoza fosfata direktna oksidacija glukoze i nastajanje riboza-5- fosfata i NADPH. Transaldolaza i transketolaza povezuju put pentoza fosfata i glikolizu.

10. TJEDAN
Metabolizam glikogena: glikogeneza i glikogenoliza, tijek i hormonska regulacija. Fosforilaza i fosforolitička razgradnja glikogena, enzimi za skidanje ogranaka, Sinteza UDP-glukoze. Hormonska regulacija sinteze i razgradnje. Kaskada reakcija i kontrola fosforilacije enzima, cAMP. Metabolizam glikogena u jetri i kontrola koncentracije glukoze u krvi.

11. TJEDAN
Metabolizam masti: razgradnja triacilglicerola, b-oksidacija masnih kiselina, biosinteza masnih kiselina, biosinteza triacilglicerola.Urea ciklus i različiti načini izlučivanja dušika iz organizma, alaninski i glutaminski ciklus prijenosa dušika iz raznih tkiva u jetru, oksidacijska deaminacija glutamata, sinteza karbamoil fosfata i tijek urea ciklusa, kontrolni enzimi i utrošak energije u urea ciklusu, veza urea ciklusa i ciklusa limunske kiseline, mehanizam toksičnosti NH4+ iona u mozgu.

12. TJEDAN
Metabolizam aminokiselina. Razgradnja aminokiselina i ciklus ureje. Transaminacija i razgradnja aminokiselina, mehanizam reakcije i uloga piridoksal fosfata u transaminaciji aminokiselina, serin i treonin dehidrataze, sudbina C-atoma razgrađenih aminokiselina, C-3, C-4 i C-5 obitelji, razgradnja razgranatih aminokiselina, razgradnja aromatskih aminokiselina i sinteza adrenalina, ketogene aminokiseline, biosinteza neesencijalnih aminokiselina, serin, glicin.

13. TJEDAN
Nukleinske kiseline - građa, funkcija biosinteza i razgradnja.Struktura nukleotida, građa, biosinteza purinskih i pirimidinskih baza, sinteza deoksiribonukleotida, razgradnja purinskih baza i sinteza mokraćne kiseline, razgradnja pirimidina, osobine i replikacija DNA, građa i vrste RNA, sinteza proteina, tijek prijenosa genetičke informacije.

14. TJEDAN
Informacija u biološkim sustavima. DNA - genetička uloga, struktura, organizacija genoma, kromosomi i geni. Pakiranje DNA i histoni. Konformacije DNA. Replikacija DNA, vjernost replikacije. Greške u DNA i njihov popravak. RNA u stvaranju i translaciji genetičke poruke. Sinteza i modifikacije funkcionalnih RNA molekula: mRNA i transkripcija, t-RNA, aktivacija i uloga u sintezi proteina, građa ribosoma i rRNA.

15. TJEDAN
Genetička šifra i odnosi gena i proteina. Sinteza proteina. Kontrola ekspresije gena u prokariota: Lac-operon i Trp-operon. Kromosomi eukariota i kontrola ekspresije eukariotskih gena. Značenje introna i eksona.

RAZVIJANJE OPĆIH I SPECIFIČNIH KOMPETENCIJA STUDENATA:
Nakon odslušanog kolegija student stječe sposobnost kritičkog promišljnja o biokemijskim procesima i metaboličkim reakcijama u različitim organima i tkivima koji su važni za razumjevanje fizioloških i patoloških procesa.

OBAVEZE STUDENATA U NASTAVI I NAČINI NJIHOVA IZVRŠAVANJA:
Studenti su obavezni nazočiti predavanjima.
Studenti su obavezni nazočiti seminarima.
Studenti su obavezni predati zadaće putem e-učenja.

UVJETI ZA DOBIVANJE POTPISA:
75% tna nazočnost na predavanjima.
75% tna nazočnost na seminarima.
Predane zadaće putem e-učenja.

NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE:
Predavanja (ex cathedra).
Seminari (ex cathedra).
Konzultacije prema dogovoru sa studentima.

NAČIN PROVJERE ZNANJA I POLAGANJA ISPITA:
3 obavezne pismene provjere znanja tijekom semestra (60% bodova na svakoj od provjera znanja donosi oslobađanje od usmenog ispita).
Pismeni ispit (potrebno 50% bodova za prolaz).
Usmeni ispit

NAČIN PRAĆENJA KVALITETE I USPJEŠNOSTI KOLEGIJA:
Studentska anketa.

METODIČKI PREDUVJETI:
Položeni ispiti iz predmeta 1. nastavne godine i Organske kemije I te odslušan kolegij Organska kemija II.

ISHODI UČENJA KOLEGIJA:
1. Objasniti i povezati biokemijske procese i metaboličke reakcije u različitim organima i tkivima
2. Interpretirati uvjetovanost trodimenzijske građe i biološke aktivnosti na primjeru proteina.
3. Diskutirati o stvaranju i pohrani metaboličke energije, te sveukupnoj strategiji metabolizma.
4. Definirati osnovne principe i važnost centralne dogme molekularne biologije te osnovne pojmove vezane uz nastajanje i strukturu nukleinskih kiselina u živim organizmima.
5. Objasniti mehanizme replikacije DNA, transkripcije DNA i translacije RNA.

ISHODI UČENJA NA RAZINI PROGRAMA:
1. rješavati kvalitativne i kvantitativne probleme primjenom prikladnih kemijskih principa i teorija
2. interpretirati kemijske informacije i podatke
3. pretraživati informacije dostupne na Internetu
4. primijeniti znanja u praksi, posebno u rješavanju problema na temelju kvalitativnih ili kvantitativnih informacija
5. pokazati sposobnost uključivanja u interdisciplinarni timski rad

NASTAVNE CJELINE S PRIPADAJUĆIM ISHODIMA UČENJA I KRITERIJIMA VREDNOVANJA:

Nastavna cjelina

1. Konformacija i dinamika. Uvjetovanost trodimenzijske građe i biološke aktivnosti na primjeru proteina. Mioglobin i hemoglobin. Enzimi. Kolagen i elastin.

Ishodi učenja:
- prepoznati vezu između prirodnih i biomedicinskih znanja
- usporediti raznolikost funkcija proteina i peptida
- odrediti aminokiselinsku građu proteina, peptidnu vezu, konformaciju, dinamičke aspekte strukture i funkcije proteina
- razlikovati proteine s posebnim funkcijama, hemoglobi, modelni globularni protein te interakcije hemoglobina s ligandima, i mioglobin
- razumjeti uvjetovanost građe i funkcije fibrilarnih proteina kolagena i elastina
- znati temelje enzimske katalize, alosteričku regulaciju aktivnosti enzima, aktivatore i inhibitore, koenzime i prostetske skupine

Kriteriji vrednovanja:
- znati napisati strukture svih 20 aminokiselina
- definirati građu složenih proteina, od primarne do kvaterne
- primijeniti znanje o strukturi i funkciji proteina na hemoglobin i mioglobin, te fibrilarne proteine kolagen i elastin, kao proteine s posebnim funkcijama
- poznavati regulaciju aktivnosti metabolički važnih enzima, koenzima i prostetskih skupina

2. Stvaranje i pohrana metaboličke energije. Sveukupna strategija metabolizma.

Ishodi učenja:
- objasniti osnovne pojmovei i svojstva metabolizma
- razumjeti metaboličku razgradnju glukoze - tijek metaboličkog puta, kontrolu i regulaciju, alosterički regulirane enzime, stvaranje ATP, važnost oksidacije NADH
- skicirati ciklus glukoneogeneze, ciklus limunske kiseline, Cori ciklus
- objasniti staničnu bioenergetiku, ciklus ATP, respiratorni lanac i oksidacijsku fosforilaciju, kaskadnu oksidaciju koenzima NADH i FADH2
- napisati osnovne stupnjeve metabolizma masti: razgradnju triacilglicerola i b-oksidaciju masnih kiselina
- usporediti u urea ciklusu različite načine izlučivanja dušika iz organizma, alaninski i glutaminski ciklus prijenosa dušika iz raznih tkiva u jetru, oksidacijsku deaminaciju glutamata, tijek urea ciklusa, te mehanizam toksičnosti NH4+ iona u mozgu

Kriteriji vrednovanja:
- uočavati razlike u stupnjevima pojedinih metaboličkih ciklusa
- poznavati zajedničke prekursore više ciklusa, te ulazne i izlazne komponente
- primijeniti znanje o sveukupnoj strategiji metabolizma na svaki pojedinačni ciklus

3. Centralna dogme molekularne biologije.

Ishodi učenja:
- definirati osnovne principe i važnost centralne dogme molekularne biologije
- objasniti nastajanje nukleinskih kiselina u živim organizmima
- definirati viših strukturnih oblika DNA kod prokariota i eukariota
- objasniti mehanizme replikacije DNA, transkripcije DNA i translacije RNA

Kriteriji vrednovanja:
- objasniti pojam i važnost centralne dogme molekularne biologije vlastitim riječima
- znati način na koji nastaju nukleinske kiseline u živim organizmima
- poznavati način nastajanja viših strukturnih oblika DNA kod prokariota i eukariota
- razumjeti mehanizme replikacije DNA, transkripcije DNA i translacije RNA
- uočiti razliku između replikacije DNA, transkripcije DNA i translacije RNA
Ishodi učenja:
Literatura:
  1. , L. Stryer: Biokemija, Školska knjiga, Zagreb, 2013.
    J. M. Berg, J. L. Tymoczko, L. Stryer: Biochemistry, fifth edition, Freeman, New York, 2002.
    D. Voet, J. G. Voet, Biochemistry 3rd ed., J. Wiley & Sons, New York 2004.
    P. Karlson, Biokemija za studente kemije i veterine, Školska knjiga, 2004., , , .
Preduvjeti za:
Upis predmeta :
Položen : Analitička kemija
Položen : Fizika II
Položen : Matematika II
Položen : Mikrobiologija
Položen : Opća i anorganska kemija
Položen : Primijenjeno računarstvo
Položen : Uvod u ekoinženjerstvo
6. semestar
Izborni predmet - Redovni studij - Ekoinženjerstvo
Termini konzultacija:
Obavijesti

Nitko na ispitnom roku nije zadovoljio za pozitivnu ocjenu:

0125171870 - 23%, 0%, 12%

0125173235 - 17%, 0%, 12%

0125169267 - vrlo dobar (4), 80 %

0125173191 - izvrstan (5), 95 %

0125173240 - vrlo dobar (4), 83%

0125169225 - dobar (3), 73 %

0160142018 - izvrstan (5), 94 %

0125171870 - nedovoljan (1), 6 %

0125172105 - vrlo dobar (4), 84 %

0125171886 - dobar (3), 78 %

0125169428 - izvrstan (5), 90 %

Jedan kolokvij je nepotpisan. Na uvid se može doći u ponedjeljak od 10-12 h.

Predavanje će se održati u srijedu 10. svibnja 2023. s početkom u 9.00 h u dvorani Z-1. Svi nastavni materijali objavljeni su na Merlinu.

Poštovani studenti, 2. kolokvij održati će se 3. svibnja, a 3. kolokvij predzadnji tjedan u semetru, termin će se dogovoriti s profesoricom Hranjec.

Predavanja iz 2. dijela završavaju 19. travnja, kako je dogovoreno. 26. travnja predavanje se neće održati, a predavanja iz 3. dijela počinju 10. svibnja.

Poštovani studenti, 2. dio predavanja iz Biokemije početi će u srijedu 29. ožujka u 9,00 h u predavaonici Z-1.

U materijalima se nalaze rezultati 2. kolokvija. Na uvid u kolokvij može se doći u ponedjeljak od 9 do 12 h, ili prema dogovoru.

Sljedeće predavanje (prof. dr. sc. Marijana Hranjec) održat će se prema rasporedu 27. travnja u 14 h, a nastavni materijali nalaze se na Merlinu

Poštovani studenti, današnje predavanje se odgađa. Sljedeće predavanje održati će se prema rasporedu 6. travnja. 30.03. piše se kolokvij iz prvog dijela kako je ranije dogovoreno.

Forum
Sortiraj prema: naslovu | vremenu zadnjeg odgovora | vremenu otvaranja teme
Naslov Odgovori Zadnji odg.
Česta pitanja